In 1659 diende Anthony van Eyndhoven het verzoek in om op een van de stadspoorten, de Leuterpoort, een molen te mogen bouwen. Die stadspoort - gebouwd als woontoren - dateert al uit de 14e eeuw. Deze toren stond eerst in het vrije veld, het Leuterveld. Bij een stadsuitbreiding werd de toren in de nieuwe stadsommuring opgenomen. De toren werd weer later verbouwd tot looppoort en in 1654 werd het uiteindelijk een volwaardige stadspoort.

Het waren economisch moeilijke tijden en met het bouwen van een runmolen kon Anthony een bijdrage leveren aan de werkgelegenheid in Wijk bij Duurstede. Run is gemalen eikenschors dat gebruikt wordt bij het leerlooien.  Graan mocht niet op de Rijn en Lek gemalen worden. Dat was voorbehouden aan de molen op de Han Loyentoren, de molen van Ruisdael (de Binnenmolen) en de standerdmolen aan de Steenstraat (de Buitenmolen).. Er was veel weerstand van de omwonenden, men was terecht bang voor stankoverlast. Maar er kwam toestemming om eerst een deel van de poort te slopen en daarbovenop een molen te bouwen. Door het huis naast de molen te kopen loste hij de weerstand van de bewoners op. Daarna is dit huis eeuwenlang molenaarswoning geweest.

Na Anthony van Eyndhoven kent de molen diverse eigenaren. De eigenaar was niet altijd de molenaar. De molen diende ook als geldbelegging. De molen van Ruisdael en de Buitenmolen waren tot de Napoleontische tijd de enige molens waar graan gemalen mocht worden. De laatste jaren van zijn bestaan was de Binnenmolen een oliemolen en de Buitenmolen,  de korenmolen. Rond 1820 werd de ‘molen van Ruisdael ‘ afgebroken. Zo ook de Buitenmolen. Vanaf dat moment werd er op de Rijn en Lek ook graan gemalen. In 1824 kocht Jacobus Johannes de Heus de molen Rijn en Lek die 5 generaties in handen van de familie de Heus zou blijven. Rond 1850 werd het runmalen gestaakt.

Door de opkomst van de mechanisatie en een slechte bedrijfsvoering ging het bergafwaarts met het bedrijf.  In 1914 ging het bedrijf van Pieter de Heus failliet. De Rijn en Lek werd te koop aangeboden. De molen werd voor 11.000 gulden eigendom van een coöperatie. In 1924 werd de molen alweer te koop aangeboden. Drie landbouwers: de heren van Dijk, Lokhorst en Schoenmaker kochten de molen. Molenaar Gerrit Jan Roodvoets werd hun bedrijfsleider. Het bedrijf liep goed, maar er werd steeds meer gemechaniseerd. De molen was voor het malen niet meer nodig. Het gevaar van totale sloop was allang niet  meer denkbeeldig. Om te voorkomen dat de molen, die uit het beeld van ons rivierenlandschap niet meer weg te denken was, voor goed verloren zou gaan, werd een comité van bezorgde inwoners van de stad gevormd onder leiding van Frits Thieme. Zij wisten zesduizend gulden bij elkaar te halen, voor die tijd een groot bedrag.

Er werd contact gezocht met de ‘ De Vereniging de Hollandsche Molen’ , een in 1923 opgerichte vereniging tot behoud van molens in Nederland. En ja …’ De Vereniging de Hollandsche Molen ‘ bracht uitkomst. De Rijn en Lek werd voor de somma van drieduizend gulden in 1929 de eerste door de vereniging aangekochte molen. Voor de symbolische prijs van 1 gulden deed het stadsbestuur afstand van de onderliggende poort en de vorige eigenaars kregen de molen van de vereniging in huur voor honderdvijftig gulden per jaar, terwijl Gerrit Jan Roodvoets als bedrijfsleider in functie bleef. Als er geen wind stond werd er elektrisch gemalen in de gebouwen achter het grote molenaarshuis.

In 1941 ontdekte Gerrit Jan Roodvoets een trap die jarenlang dicht gemetseld is geweest. Op de trap werd een grote hoeveelheid run gevonden. Tot 1964 zijn er 2 opgangen naar de molen in gebruik geweest. Een van af de Graanschuur naar de stelling en de ander de trap zoals we die nu kennen. Tijdens de oorlog is de molen weer ingeschakeld voor de voedselvoorziening. Dat dreigde wel even mis te gaan toen op 6 september 1944 tijdens een zeer zware storm de wieken op hol sloegen. De koningspil was wel totaal kapot. Maar de gebroeders Jan en Henk van den Hurk van de scheepswerf hebben, ook al was het hun vak niet, kans gezien de molen te herstellen en kon er weer graan voor de inwoners van Wijk bij Duurstede gemalen worden.

In 1946 zijn de wieken nog een keer op hol geslagen en ook toen kon de molen gered worden. In 1959 is een van de wieken gebroken tijdens een storm. De wieken van een molen uit Erp zijn naar Wijk bij Duurstede gekomen. Dat is nog een heel avontuur geweest. Vanaf 1972 wordt de molen gedraaid door vrijwillig molenaars. De molen is in de jaren 90 heel grondig gerestaureerd. De kap is er af geweest en opgeknapt. In 1997 werd hij feestelijk heropend door de toenmalige beschermheer Prins Claus.